2007年，按照国防科工委的要求，哈工大参加了国防特色目录内紧缺本科专业的申报，所申报的核反应堆工程、核物理、核化工与核燃料工程三个本科专业全部获批。其中，核物理、核化工与核燃料工程专业设在理学院，核反应堆工程专业设在我院。我院先后有2006级的4位学生和2007级的7位学生调至核反应堆工程专业学习，2008年开始列入招生计划并招收22名学生。为方便核反应堆工程专业的教学管理，成立了核能工程研究中心。

早在1958年，哈工大就成立了工程物理系，1960年，工程物理系并入动力机械系（二系），下设核物理专业（21专业）、核反应堆专业（22专业）、电物理专业（26专业），培养了一批核科学技术方面的学生，分布在全国各地，为我国核技术的发展做出了重要贡献。1976年专业调整时，核物理专业和电物理专业并入中科院高能所、核反应堆专业并入清华200号。哈工大在核工程技术的人才培养方面有优良的传统和丰富的经验。

核能工程研究中心负责组织相关人员进行核反应堆工程专业培养方案、教学计划的制定，课堂教学和生产实习、毕业实习、课程设计、毕业设计、专业实验等实践教学活动的组织，学生日常管理，承担核方面的科研等。